Peter Parker a une vie très occupée, partagée entre son combat contre les vilains et la personne qu'il aime, Gwen Stacy. Il attend donc son diplôme de fin de lycée avec impatience. Peter n'a pas oublié la promesse qu'il a faite au père de Gwen : la protéger en restant hors de son existence. Une promesse qu'il ne peut tenir. Les choses vont changer pour Peter quand un nouveau vilain fait son apparition, Electro, quand un vieil ami fait son retour, Harry Osborn, et quand Peter découvre de nouveaux indices sur son passé. Mais ce n'est pas tout, encore deux autres ennemis vont apparaître : le Rhino et le Bouffon Vert. Il va vite découvrir que ces individus ont tous le même point commun : la société Oscorp.
Peter Parker est un adolescent combattant le crime sous le nom de Spider-Man après avoir été mordu par une araignée transgénique dans les laboratoires Oscorp. Chassé par les autorités sous les ordres du capitaine Stacy, le père de sa petite amie Gwen, Peter tente de sauver New York du Docteur Connors, l'ex-associé de son père métamorphosé en créature reptilienne, le Lézard.